Szkoła ta istnieje od 1905 r. Pierwszym nauczycielem, którego wspomina kronika był pan Wojciech Tokarczyk, który wcielony do wojsk austriackich zginął na froncie I wojny światowej. On to zanotował w kronice, charakteryzując ówczesną ludność jako nieprzychylną szkole – słowami: ,,Szkołę uważają ludzie za rodzaj podatku, a nauczyciela za zło nieuchronne”. Ówczesna szkoła – była to jedna izba wynajęta u gospodarza, w której uczyły się dzieci w różnym wieku i o różnym poziomie rozwoju.
Kolejnym nauczycielem od 1913 r. był pan Antoni Górszczyk z Pisarzowej, który po dwóch latach wstąpił do Legionów Polskich i dostał się do niewoli rosyjskiej, z której powrócił dopiero w 1919 r. Z powodu braku nauczyciela, przez cały rok szkolny 1914/1915 dzieci nie uczyły się.
Od 1 września 1915 r. obowiązki nauczycielki objęła pani Wiktoria Biedroniówna, pochodząca z Krasnych Lasocic, a w 1916 r. do szkoły przybyła druga nauczycielka, pani Stefania Jasicówna, która po trzech miesiącach przeniosła się do Limanowej. Dzieci w tym okresie uczyły się w jednej Sali, wynajętej u pana Jana Mamaka, realizując nauczanie dwupoziomowe – klasa pierwsza z drugą i trzecia z czwartą.
Po ich odejściu z tej placówki, od września 1917 r. nauczycielem w Siekierczynie Podlas był pan Ludwik Raczyński.
1 września 1919 r. powrócił z niewoli pan Antoni Górszczyk, który ponownie podjął pracę w tutejszej szkole, natomiast pan Ludwik Raczyński przeniósł się na Suwalszczyznę.
W 1921 r. rozpoczęli pracę w szkole pan Kondelewicz Franciszek z żoną Stefanią, którzy wytrwali tu do roku 1923. To im szkoła zawdzięcza wybór patrona – Zygmunta Krasińskiego – umotywowany słowami wieszcza: ,,(…) a z kości naszych powstaną mściciele (…)’’.
W roku szkolnym 1922/23 rozpoczęły tu pracę dwie siostry: Zofia i Janina Babiczówny, ale już po roku zrezygnowały z posady. 1 lutego1923 r. posadę nauczyciela objął pan Stefan Klos. On podziela opinie swoich poprzedników co do stosunku ludności do szkoły, jako nieprzychylne. Nadal jest jedna sala lekcyjna wynajęta w starym budynku dworskim – ciasna i ciemna. Frekwencja polepszyła się, bo wszedł w życie ,,przymus szkolny”, czyli kary pieniężne a nawet areszt za nieposyłanie dzieci do szkoły. To w 1927 r. zrodziła się myśl budowy szkoły dwuklasowej, a ludność zadeklarowała na ten cel opodatkowanie się według stopnia zamożności oraz pomoc w pracach budowlanych i potrzebne drzewo. Niestety prace budowlane postępowały bardzo wolno.
Od 1 września 1930 r. kierownictwo w szkole objęła pani Jadwiga Mężykówna. W następnym roku zatrudniono jeszcze panią Jadwigę Szeligiewiczówną.
W roku szkolnym 1936/37 w szkole pracowała pani Aleksandra Kozłecka. W czerwcu tego roku, po licznych staraniach, podejmowanych przez ,,Gromadę Siekierczyna” i przy poparciu inspektora pana Pytlarza, przystąpiono do budowy 2- klasowej Szkoły Powszechnej.
Od września 1937 r. na własna prośbę, w drodze zamiany, przybyła do Siekierczyny Podlas pani Kazimiera Ptak, która jednak ze względu na stan zdrowia po dwóch miesiącach zmuszona była przerwać nauczanie w tutejszej szkole. W jej miejsce, od 1 grudnia 1937 r. posadę nauczycielki kontraktowej objęła pani Maria Witkosiówna. W czerwcu 1938 r. przykryto wybudowaną, ale jeszcze nie wykończoną szkołę. Rok szkolny 1938/39 to okres dalszej pracy przy wykończeniu nowych sal lekcyjnych.
Wybuch II wojny światowej przerwał prace budowlane. W czasie wakacji 1940 r. wykończono jedną salę i korytarz – odtąd nauka odbywa się w tych dwóch pomieszczeniach, ponieważ zatrudniono drugą nauczycielkę, panią Marię Kolemba, która objęła stanowisko kierownika szkoły. W tym czasie do czteroklasowej szkoły uczęszcza od 100 do 150 uczniów, nauka odbywa się na dwie zmiany. Kolejne lata wojny i okupacji niemieckiej to okres ciężki dla kraju i szkoły. Wprawdzie okupant zezwolił na naukę języka polskiego z ocenzurowanych podręczników, ale wykluczył nauczanie historii i geografii. W tym trudnym okresie dzieci jednak mogły się uczyć historii Polski na tajnych spotkaniach, organizowanych przez panią Marię Witkoś. „Pamiętam dokładnie jak, jako dzieci, słuchaliśmy z otwartymi buziami o początkach naszej państwowości, o Chrzcie Polski, o pierwszym królu Polski Bolesławie Chrobrym, o św. Stanisławie ze Szczepanowa i jego konflikcie z Bolesławem Śmiałym” – pisze pan Stanisław Młynarczyk, były uczeń, wspominając z szacunkiem panią Marię Witkoś i ten trudny okres w swej edukacji.
Po zakończeniu wojny pani Maria Kolemba powróciła do Bydgoszczy, a kierownictwo szkoły objęła ponownie pani Maria Witkoś.
Rok 1945 zapisał się w historii szkoły jako okres rozwoju oświaty. Tworzy się 7 klas z liczbą 130 dzieci i dwoma uczącymi. Funkcję nauczyciela objął pan Władysław Lechowicz z Limanowej. Powstają kursy dla analfabetów, kurs przysposobienia fizycznego i kurs rolniczy. Zmienia się też stosunek ludzi do szkoły. Wszyscy, bez względu na wiek, chcą się uczyć.
1 października1948 r. dotychczasowa kierowniczka szkoły, pani Maria Witkoś została przeniesiona na Kaninę, a funkcję kierownika objął pan Władysław Lechowicz, który przez pięć miesięcy sam uczył siedem klas (około 100 uczniów).
1 września 1949 r. szkole przybywają dwie nauczycielki – pani Joanna Biernat i pani Emilia Ślązakowa. W siedmioklasowej szkole uczy troje nauczycieli.
W sierpniu 1950 r. pan Władysław Lechowicz został przeniesiony do Szczawy, pani Emilia Ślązakowa do Tymbarku, a pani Joanna Biernat do Kamienicy. Szkoła została bez nauczycieli.
Z dniem 1 września 1950 r. obowiązki kierownika szkoły powierzono pani Walerii Wieczorek oraz zatrudniono panią Marię Filipek, panią Antoninę Wilk i pana Jana Wanatowicza, który przepracował w Siekierczynie tylko 15 dni.
1 września1951 r. dotychczasowa kierowniczka pani Waleria Wieczorek oraz pozostali nauczyciele zostali przeniesieni na Wysokie. W ich miejsce przydzielono panią Helenę Zoń na stanowisko kierownika szkoły, pana Stanisława Zonia, panią Marię Baka i panią Marię Zoń, która z dniem 1 maja 1952 r. została przeniesiona do szkoły nr 1 w Siekierczynie.
Z dniem 1 września 1952 r. obowiązki kierownika szkoły powierzono p. Marii Baka, gdyż pani Helena Zoń wraz z mężem Stanisławem zostali przeniesieni do Zasadnego. W tym czasie w szkole zatrudniono pana Fryderyka Puto oraz panią Bronisławę Zając.
1 wrzesnia 1953 r. pani Maria Baka została przeniesiona do Zasadnego, a obowiązki kierownika objął pan Stanisław Zoń, który powrócił tu z Zasadnego wraz z żoną Heleną. Pan Zoń z całą energią rozpoczął remont szkoły oraz mieszkań na poddaszu. Powoli poprawiały się warunki pracy uczniów i nauczycieli. Do Jaworznej na stanowisko kierownika odszedł pan Fryderyk Puto.
W tym roku szkolnym odbyła się pierwsza w historii szkoły wycieczka uczniów do Krakowa.
W 1954 r. program siedmiu klas realizowało w oddziałach łączonych czworo nauczycieli w trzech salach szkolnych i jednej wynajętej. W 1963 r. szkoła liczyła 170 uczniów. Nauka odbywała się w trzech salach szkolnych i dwóch wynajętych izbach. W szkole pracowało czworo nauczycieli.
Warunki życia i nauczania uległy znacznej poprawie, gdy po wielu staraniach kierownika szkoły oraz interwencji delegacji mieszkańców wsi w Ministerstwie Rolnictwa w 1964 r. zabłysła wreszcie żarówka elektryczna.
Rok szkolny 1967/1968 jest rokiem przełomowym w historii szkolnictwa. Powstaje klasa ósma, ale warunki lokalowe nie uległy poprawie. Pracuje teraz sześcioro nauczycieli, a liczba uczniów wzrosła do 178.
W 1970 r. Prezydium Wojewódzkiej Rady Narodowej w Krakowie – Kuratorium Okręgu Szkolnego dla województwa krakowskiego i miasta Krakowa nadało Szkole Podstawowej nr 2 w Siekierczynie imię Zygmunta Krasińskiego.
Od roku 1977/1978 pracuje w szkole dziesięcioro nauczycieli. Zajęcia przedszkolne odbywają się przez cały rok. Sprzymierzeńcem wszystkich poczynań dla dobra uczniów i całej społeczności szkoły stał się Komitet Rodzicielski.
Dyrektor szkoły na jednym z zebrań wiejskich w 1977 r. podsunął myśl budowy nowej szkoły. Przedstawił w przybliżeniu koszty tej inwestycji. Powstaje Komitet Budowy Szkoły. Warunkiem uzyskania dotacji i rozpoczęcia prac było kupienie przez mieszkańców działki i planu budynku. Mieszkańcy obwodu szkolnego wykazali dużą aktywność w zbieraniu na ten cel funduszy i w pracach, wykonywanych społecznie przy budowie szkoły. Szczególnie dużo starań i pomocy dyrektorowi szkoły w tym przedsięwzięciu wykazali: sołtys Józef Młynarczyk oraz panowie: Wojciech Król, Stefan Stypuła, Stanisław Mamak, Czesław Piszczek, Antoni Borucki i wielu innych. W 1980 r. została oddana do użytku nowa szkoła z kompletnym wyposażeniem w sprzęt szkolny i pomoce naukowe. Dzieci uczą się w sześciu jasnych salach lekcyjnych. Jest pracownia zajęć praktyczno – technicznych, świetlica, dwa boiska szkolne i zaplecze kuchenne. Placówka ta stała się chlubą całej wsi i uwieńczeniem wysiłku wielu ludzi, a szczególnie obecnego wówczas naczelnika Urzędu Miasta i Gminy Limanowa, pana Jana Kubowicza, który razem z dyrektorem szkoły, panem Stanisławem Zoniem załatwiał wszelkie sprawy związane z budową.
28 stycznia 1984 r. zmarł nagle dyrektor Stanisław Zoń, który przepracował w tutejszej szkole trzydzieści dwa lata.
Następnie funkcję dyrektora szkoły przez dwa i pół roku pełnili kolejno: pani Maria Wojcieszczak, pani Maria Zoń i pan Krzysztof Potoczek.
Od roku szkolnego 1986/87 zarządzanie naszą szkołą Wydział Oświaty powierzył pani Józefie Setlak. W tym okresie, dzięki jej staraniom, szkoła doczekała się gazowego ogrzewania łącznie z remontem kotłowni, kuchni, toalet oraz przebudowy dachu, boiska, wymian stolarki i zewnętrznej elewacji budynku.
Powstała sala komputerowa, z której korzystają uczniowi na lekcjach informatyki, a dostęp do Internetu poszerza ich horyzonty wiedzy.
Od roku szkolnego 1999/2000, w naszej placówce istnieje tylko 6-klasowa szkoła podstawowa, w której uczy się około stu uczniów i pracuje dwunastu pedagogów.
Dnia 17 września 2005 r. w Szkole Podstawowej nr 2 w Siekierczynie odbyła się uroczystość 100-lecia szkoły i nadania sztandaru. Sztandar naszej szkole ufundowała Rada Rodziców i sponsorzy. Został on poświęcony na uroczystej Mszy św. przez ks. Stanisława Kozę – proboszcza naszej parafii. Na uroczystość przybyli posłowie, samorządowcy, władze gminy, władze powiatu, władze oświatowe, byli nauczyciele, pracownicy obsługi, rada rodziców, obecnie pracujący pedagogowie, pracownicy szkoły, społeczność uczniowska, mieszkańcy wsi. Część artystyczna przedstawiona przez uczniów była lekcją historii o rozwoju szkolnictwa w Siekierczynie w ciągu minionych stu lat (1905-2005). Uroczystość ta na długo pozostanie w naszej pamięci.
W latach 2005-2011 dzięki staraniom pani dyrektor Józefy Setlak i przychylności Urzędu Gminy Limanowa warunki nauki w naszej szkole znacznie się polepszyły. W ostatnich sześciu latach wykonano wiele inwestycji poprawiających stan budynku i sal lekcyjnych oraz zakupiono pomoce i wyposażenie klas. Oto najważniejsze z nich:
modernizacja budynku szkoły: wymiana stolarki okiennej, docieplenie budynku, wykonanie elewacji zewnętrznej,
– odwodnienie budynku szkoły, okopanie budynku do poziomu ławic, izolacja ścian, wymiana wszystkich schodów zewnętrznych, obłożenie płytkami, wykonanie obejścia wokół szkoły, wyłożenie kostką brukową, wymiana ogrodzenia wokół budynku szkoły, zamontowanie wysokiego ogrodzenia na boisku szkolnym, wymiana bramy wjazdowej na przesuwną oraz bramek wejściowych do szkoły, pomalowanie dachu na budynku szkoły- (koszt ok. 200000 zł),
– pomalowanie wszystkich sal lekcyjnych – prace wykonali społecznie rodzice, zamontowanie alarmu w budynku szkoły,
– wymiana mebli szkolnych, tablic we wszystkich pomieszczeniach szkolnych, zakupienie wielu pomocy dydaktycznych, kserokopiarki, 2 laptopów, kuchni gazowej, książek do biblioteki szkolnej (za ok. 40000 zł),
– w ramach Europejskiego Funduszu Społecznego szkoła otrzymała z Ministerstwa Edukacji Narodowej Internetowe Centrum Multimedialne do biblioteki szkolnej (4 komputery, urządzenie wielofunkcyjne),
– w związku z realizacją projektu unijnego „Pierwsze uczniowskie doświadczenia drogą do wiedzy” szkoła została doposażona w sprzęt (za około 8000 zł),
– zakupienie i zamontowanie bramek do piłki ręcznej, koszy do koszykówki oraz sprzętu do siatkówki (za ok. 16000 zł),
– wymiana rur doprowadzających wodę do szkoły, wyremontowanie hydroforni (za ok. 14000 zł),
– zakupienie pomocy z programu „Radosna Szkoła” (za około 6000 zł),
– wymiana posadzek na holach szkolnych, świetlicy, bibliotece szkolnej, pracowni na wykładziny termozgrzewalne, wymiana drzwi wewnątrz budynku.
W szkole działa Samorząd Uczniowski, SKS, SKO, SKKT, kółka: matematyczne, polonistyczne, artystyczne, plastyczne i muzyczne, Uczniowie nie sprawiają większych problemów wychowawczych. Godnie reprezentują naszą szkołę biorąc udział w olimpiadach, konkursach i zawodach sportowych na szczeblu gminnym, powiatowym, wojewódzkim, ogólnopolskim i międzynarodowym.